Đại hội đã vấp phải một số sai lầm, khuyết điểm, chủ yếu là do tư tưởng chủ quan, nóng vội, giáo điều, thể hiện rõ nhất qua việc đề ra phương châm tiến nhanh, tiến mạnh, tiến vững chắc lên chủ nghĩa xã hội, đề ra các mục tiêu, chỉ tiêu quá cao, không tính đến khả năng thực hiện và điều kiện cụ thể của đất nước.

Trong khi thực hiện những nhiệm vụ của Đại hội thì ngày 5 tháng 8 năm 1964, Mĩ mở Chiến dịch Mũi Tên Xuyên bắn phá miền Bắc sau khi dựng lên Sự kiện Vịnh Bắc Bộ,[6] từ đây miền Bắc phải chuyển hướng xây dựng, phát triển và không thể tiếp tục thực hiện những nhiệm vụ của Đại hội III.